・ロックマン本体の当たり判定が若干大きくなっている。
１ブロック分高い場所にいるメットールの弾に、立ち状態で当たってしまう。
（クラッシュマンステージで確認）
ちなみに、ＰＳ版のみ同じ状況でメットールの弾に当たる。ＰＳ版も当たり判定が大きくなっている？

・全体的に、武器の連射力が落ちている。
　どんなに連射しても、特殊武器のオート連射より遅い。

・ジャンプの挙動が、ＦＣ版ロックマン３〜５に近くなっている。
　逆に左右移動の動き始めが重く、これはロックマン１の操作性に近い。（操作しづらい）
梯子の昇降速度は、ロックマン１・２より速いがロックマン３より遅い、という微妙な速度に。

・ジャンプの横移動飛距離が向上している。
　（階段状の足場を下る場合、一気に二段分降りられる。）

・ロックマン１・２にあった、落下速度の大幅な加速が無くなった。
　（落下速度キャンセルは可能　本作ではロックマン１とロックマン３でも可能に）

・梯子捕まり中に十字キー上連打（下連打）でポーズを固定しつつ移動することが不可能に。

・ロックマン１・２で、梯子の頂点で上半身を曲げるポーズのまま静止できる。

・上半身を曲げるポーズのままジャンプ及びメニュー画面を出すと、ロックマンが梯子の上に立つ。
　（オリジナル版ロックマン３の仕様）

・ロックマン２の、メニュー画面を出して武器エネルギー消費を抑える裏技が削除。

・被弾時の仰け反りに慣性が働くようになった。当たり方によって仰け反る方向が変わる。
　（上からガビョールに当たると、上に跳ねるように仰け反る）

・被弾時にメニュー画面を出すと、ダメーシ時の仰け反りをキャンセル出来る。
　ロックマン１では可能だったが、2以降は不可能になった要素。敵を無視する時に便利だが、制作側の意図してない技っぽい…

・足場から降りてジャンプ中の絵になったら、即座に逆移動して足場に戻る…という動きが出来る。
壁際を沿って降りるのがスムーズに出来なくなり、クイックマンステージなどで困る。
水中だと再現しやすい。

・各タイトル画面、タイトルロゴ右下のＴＭマークが、（Ｒ）マークに変更。

・ＰＲＥＳＳ　ＳＴＡＲＴ　の表記が　ＰＵＳＨ　ＳＴＡＲＴ　に統一。

・ステージセレクト画面で、クリアーしたボスの顔が薄いグレーで表示される。
　（オリジナル版では、１は背面が黒くなる。２と３はボスの顔が無くなるというもの。）

・ロックマンの各アクションや、アイテム入手時などの効果音を統一。

・ボス撃破時に、画面内の弾が全て消える。
　（エアーシューターやリーフシールドなどが、画面内に残らない）
よって、リーフシールドを張ったまま飛ぶ、などの裏ワザが不可能に。

・ザコキャラにもダメージを受けた時の無敵時間がある。
　（オリジナル版ロックマン１も同様の仕様だった。　ただし、メガワーの無敵時間は、割と致命的な長さ）

・ボスがダメージを受けた時の無敵時間が長くなった。
　ボスの無敵時間の長さは、シリーズを追うごとに長くなっていく。
　　短い　１＝２＜＜３＜＜＜＜４　長い
くらいだったが、メガワールドではロックマン４並に長い。

・左上のゲージ表示位置が、オリジナル版より左にズレている。

・ＢＧＭが流れるようになった。原作では無音。
　流れるＢＧＭは、ロックマン３のタイトル画面の流用。

・スタートボタンを押した時の効果音＋画面点滅が無くなった。

・ゲームオーバー画面とコンティニュー画面が分けられている。
　ゲームオーバー画面（スコア表示）→セーブ画面→コンティニューの選択。

・コンティニュー画面のＢＧＭは、ロックマン２のパスワード画面の流用。

・ステージセレクト用に、ボスキャラの顔グラフィックが用意された。

・ワイリーステージは、ワイリーの顔ではなくワイリーマーク。

・ＣＬＥＡＲ　ＰＯＩＮＴＳの表記が削除された。

・ステージスタートのクリアーポイントが７桁まで表示される。
　例えば、ワイリーの場合「０２０００００」と表記される。

・ボスキャラの名前表示時に効果音が入る。

・ボス部屋最初のゲートが、２個→１個になった。
　ゲートを潜った後、ゲートが閉まる演出が加わった。（位置的には、右に１キャラ分ズレた）

・ボス戦に入ったら、即ゲートが閉じるようになった。
　（原作ではＢＧＭ前奏→ゲート閉まる→ボス登場の順）

・ボスの無敵時間が若干長くなり、武器がボスを貫通することが無くなった。

・ボスを撃破した時点で画面上の弾がすべて消える。
　そのため、心臓部を回収する際に残った敵の攻撃に当たってミスる可能性が無くなった。

・心臓部を取った後、ロックマンが制止しない。瞬きもする。アイスマンの部屋なら滑る。

・残機数の表示が「顔＝数字」から「顔：数字」に変更。
　また、数字大きさが半分くらいに小さくなっている。

・ブラスターの弾が若干遅くなった。

・ウォッチャーの電撃発射タイミングが遅い。

・引っ込んだスクリュードライバーの根元部分に、当たり判定が無くなった。

・ボムボムボムの爆発に効果音が無くなった。

・ビッグアイの小ジャンプもギリギリ潜れるようになった。

・ローリングカッターやファイヤーストームが多段ヒットしなくなった。

・無敵状態の敵をアイススラッシャーで固められない。（跳ね返される）

・ガッツブロックの上にアイテムが落ちると、アイテムがガッツブロックをすり抜ける。

・ガッツブロックの横に密着あるいはブロック上でサンダービームを撃つと、ロックマンの手が投げモーションになる。

・サンダービームで吹き飛ばしたブロックは、スーパーアームの属性になっている。
　そのため、飛ばしたブロックでカットマンやＣＷＵ−０１Ｐに大ダメージを与えられる。
…こちらの方が自然？
（オリジナル版でガッツブロックを吹き飛ばした場合、飛ばしたブロックはサンダービームの属性だった。
つまり、飛ばしたブロックをカットマンに当てても１ダメージ。）

・マグネットビームの伸びる速さが凄く遅い。
　見た目、六角ブロックが１個ずつ伸びるグラフィックに変更。ビーム上から落下した時の高速落下も無くなった。

・ＲＥＡＤＹの文字が点滅する。

・敵が弾を無効化した場合、斜めに跳ね返る演出が追加。
　（ローリングカッターとサンダービームは、新規跳ね返りパターンが追加！）
→ローリングカッターは放物線を描きつつ落下。
→サンダービームは二手に弾け飛ぶ。

・地形の中にいるザコキャラがアイテムを出した場合、アイテムが消えなくなった。
　壁際のザコキャラがアイテムを出した場合、アイテムが地形に引っかかる場合がある。

・回復アイテム入手時の操作不能時間が無くなった。

・設置されてるアイテムが、画面スクロールで復活しなくなった。

・水中でジャンプ力が向上。水しぶきと口から泡が出るエフェクト追加。

・梯子の頂点付近で、上半身を曲げたポーズのまま静止できる。

・画面上から梯子を上り、画面下から出てくる現象が無くなった。

・無敵時間中に針に落ちてもミスにならない。

・スーパーカッターが無敵キャラになった。

・中間ポイントが右にズレてスタートするため、スージーの奇襲を喰らわなくなった。

・ボス前のビッグアイで処理落ち。
　（４つあるガッツブロックの影響。ブロックが無くなると処理落ちも消える）

・カットマンがジャンプすると、重い処理落ちがかかる。
　（ガッツブロックが影響。ワイリーステージ２の場合は処理落ちが無い。）

・ロックバスターのダメージが３→１に。

・メットールの顔出し範囲が狭くなった？
　→メガワーでは、スタート地点では顔出ししない。

・メットールと同じ段差でロックバスターを撃つと、メット部分に弾が当たらない。

・リフト地帯で、リフトの交差タイミングが違う。
　リフトの上部から下部まで一気に飛び移れるが、中部から下部に飛び移る場合、右へ大ジャンプする必要がある

・リフトの動きが若干遅い。

・リフト地帯を越えてもリフトの音が鳴りっぱなし。縦穴地帯にスクロールするまで鳴り続ける。

・ピッケルマン地帯の下部に置かれた針の数が違う。７個→５個。針の間に２キャラ分の隙間がある。

・ガッツマンの部屋のガッツブロックと地形の間に段差がある。
　左の地形の方が高いため右から左へ進めない。

・ガッツマンの投げる岩が避けづらい。更に岩がロックバスターを吸収する。

・地響きでＢＧＭが途切れない。

・ステージ開始時にクレイジーレイジーが迫ってくる。

・二つ目の出現ブロック地帯の右から二番目、三番目のブロックからショートカット可能。
　右へジャンプ→メニュー画面を出して飛距離伸ばすと、右上へジャンプだけでたどり着ける。

・フットホールダーを突きぬけるバグが無くなった。

・ボス前のペペが、ゲート目前でも出現する。

・ボンバーマンが接近しててもボムを投げる可能性がある。

・ハイパーボムのダメージが１ダメージになってる。
　ボンバーマン本体に当たった方が痛い…。

・ボンバーマンの心臓部が、部屋の中央に出現する。
　（オリジナル版では、部屋の右側）

・火柱が武器をすり抜ける。

・凍らせた縦４ブロック分の火柱は、左側からなら乗り越える事が出来る。

・中間ポイントの一画面前の部屋で、チャンキーが出る中央の穴から下へ降りれる。
　（地形が変わっている　オリジナル版では、バグで地形の中に入れる）

・流れる火炎の一画面前の場所で、火炎が落ちてこない。
　また、攻撃を当てると弾が跳ね返されるようになった。
ＦＣ版で小さい範囲だった当たり判定が大きい。（ほぼ見たまんまになった）

・タワーの合流地点、左下のサンダーブロックの場所で、
マグネットビーム足場を作って下画面に降りると、地形の中に埋まってしまう。
　左に移動すれば脱出できる。
オリジナル版では右側にワープするが、メガワーでは左側に降りるだけ。

・エレキマンにハメ技が使えない。パターンが根本的に違う…。
　終始左右に暴れまわり、こちらの攻撃に反応して適当にジャンプしてる模様。

・サンダービームの縦幅が縮小。回避しやすくなった。
　地上で撃たれた場合は、ガッツブロックの上なら避ける必要が無い。

・縦３ブロック分の火柱を凍らせると、天井と火柱の間を乗り越えて進める。

・中間ポイント下部の梯子は、フットホールダー地帯に入ると強制的に落ちてしまう。

・ボス部屋にゲートが無い。（部屋に入っても、ゲートが閉まらない）

・イエローデビルの目玉が出た時に、２回攻撃を当てられる。
　ロックバスターなら余裕。サンダービームはシビア。

・目玉出現パターン変更＋弾が遅い＋超処理落ち。

・ピラミッドの針山の数が少なくなっている。

・二つ目のボムボムボムの出現タイミングが変化。
　一つ目のボムボムボムと同時に出現する。

・コピーロボットが、画面端を陣取ることがある。
　また、戦闘開始時に弾を撃たない事がある。
（位置関係で弾を撃つパターンが変更？）

・アイススラッシャーが効くようになった。ダメージ２。

・ＣＷＵ−０１Ｐの耐久力が１０→８に変更。

・移動速度が遅くなった。７体目になっても並の速度。

・ＣＷＵ−０１Ｐを倒した時、次のＣＷＵ−０１Ｐが即出現する。
　運が良ければ、ガッツブロックを２〜３体一気に当てる事が出来る。

・部屋に配置されているのガッツブロックが、オリジナル版より若干左側にズレている。
　部屋のど真ん中に配置されるようになった。

・ワイリーマシンの弱点が第１・第２形態共通になった。
　ファイヤーストーム・サンダービームが４ダメージ。
ローリングカッターが３ダメージ。（多段ヒット無し）

・ワイリーマシン第１形態の内側に来ても、砲台が右を向かない。

・ワイリーマシン第２形態の弾の速度が遅い＋点滅してない＋軌道がやや上方に変化。
　安全地帯でやり過ごすパターンが不可能に。

・オールクリアー時のＢＧＭが通常クリアー時のＢＧＭになった。

・ロックマンの変身するタイミングが違う。
原作では夕日のシーンだが、夜景のシーンに変更。

・ロックマンがシルエットになる演出も無くなった。